Confusión :(

Tengo una duda, no entendí muy bien esto de setear la forma de ejecución(paso #5 de la "Creación de un Proyecto en Java", del laboratorio de la clase de Compiladores), es decir sé lo que hace, pero me confunde la idea de escoger un proyecto, ya que no se si hay que realizar este paso cada vez que creemos uno nuevo????